Quando foi posta em vigor a lei de 10 de setembro de 1611, que regulamentava aldeamentos indígenas nos pontos que melhor conviessem aos interesses do reino, os índios deslocaram-se para o interior. Entre os antigos aldeamentos, distantes de Piratininga e que vieram a merecer a atenção dos jesuítas, figurava, para as bandas de leste, o aldeamento de São José, localizado no Bairro do Rio Comprido, atual região de São José dos Campos. De 1643 a 1660, os religiosos obtiveram para os índios diversas léguas de terras, concedidas por João Luís Mafra. A aldeia progrediu e passou a ser denominada Vila Nova de São José. Após alguns anos, os índios dessa vila trouxeram amostras de puríssimo ouro, o que despertou a atenção para a Serra da Mantiqueira, nas proximidades do Rio do Peixe, nas imediações do Bairro das Lavras, um lugar alagadiço da atual Fazenda Montes Claros, hoje conhecido como "Tanque dos Índios".
Em 1769, os jesuítas foram expulsos; com isso, alguns brancos agregaram-se aos índios sob a direção de José de Araújo Coimbra, Capitão-Mor de Jacareí, e deram impulso à povoação. Por ordem do Governador-Geral, D. Luiz Antonio de Souza Botelho Mourão, em julho de 1767 foi criada a vila com o nome de São José do Paraíba. A partir de 1871, a região passou por duas fases distintas: o desenvolvimento agrícola com forte preponderância da cultura do café e a criação da estância climática, conseqüência natural de seus bons ares. A emancipação à categoria de vila não foi um fator determinante para o seu progresso, e por muitos anos manteve as mesmas características modestas. A principal dificuldade de São José era o fato de a Estrada Real passar fora de seus domínios. Em meados do século 19, já demonstrava alguns sinais de crescimento econômico com o desenvolvimento da agricultura. O algodão teve uma rápida evolução na região - momento em que São José conseguiu algum destaque -, e sua produção chegou ao auge em 1864. Nesse mesmo ano, em 22 de abril, a vila foi elevada à categoria de cidade, e em 1871 recebeu a atual denominação: São José dos Campos.
Quase simultaneamente, houve o desenvolvimento da cultura cafeeira no Vale do Paraíba, que começou a ter alguma expressão a partir de 1870. No entanto, foi no ano de 1886, quando já contava com o apoio da estrada de ferro inaugurada em 1877, que a produção cafeeira joseense teve seu auge, mesmo num momento em que já acontecia a decadência dessa cultura na região, conseguindo ainda algum destaque até por volta de 1930. A procura do município de São José dos Campos para o tratamento de tuberculose pulmonar teria se tornado perceptível no início do século 20, devido às condições climáticas supostamente favoráveis. Em 1935, o município foi transformado em estância hidromineral e passou a receber recursos oficiais, que puderam ser aplicados na área sanatorial. Com o advento dos antibióticos nos anos 40, a tuberculose começou a receber tratamento ambulatorial, caracterizando assim o fim da função sanatorial até então exercida por São José, num momento que já era crescente a vinda de estabelecimentos industriais para a cidade.
O processo de industrialização do município tomou impulso a partir da instalação do Centro Técnico de Aeronáutica - CTA, em 1950, e com a inauguração da Rodovia Presidente Dutra, possibilitando assim uma ligação mais rápida entre Rio de Janeiro e São Paulo. A conjunção desses fatores permitiu que o município caminhasse para o potencial científico-tecnológico em que se encontra. Sua população atual é de 520 mil habitantes.
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